 Gene Ontology介绍
http://www.bioclub.org/modules/xoopsfaq/index.php?cat_id=2 什么是Gene Ontology? 在各物种基因体序列(genomic sequence)相继解码之后，经生物资讯学家的注解发现，有大部分的基因在不同真核生物(eukaryotes)是拥有共同的主要生物功能(biological functions)。透过在某物种上所获得到基因或蛋白质(shared proteins)的生物学知识，可以用来解释在其它物种所对应到基因或蛋白质，此研究可应用在比较基因体学(compared genomics)发展上。因此有一个Gene Ontology Consortium组织为了解决这样问题，而建立了一套具有动态(dynamic)形式的控制字汇(controlled vocabulary)，来解释真核生物的基因或蛋白质在细胞内所扮演的角色及生医学方面的知识，同时这些字汇随着生命科学研究的进步，一直不断的累积与改变。一个本体(ontology)会被一个控制字汇(controlled vocabulary)来描述并给予统一的名称，直到目前为止，在Gene Ontology下有三大独立的本体被建立∶biological process, molecular function及cellular component。
Gene ontology除了在生物词汇上有所标准定义外(他们一直强调这不是唯一的标准，也不规定每一个研究者一定要遵循这套控制字汇系统)，所谓动态(dynamic)形式的结构(structure)能够利用DAGs(Directed Acyclic Graphs)的网状关连(network)将每一个本体之间串接起来，然后再以树状分层(hierarchical tree)来呈现这些本体间的关系(如下图)。从另外角度来看，其实这样就是一个整合性的分类系统，一个基因或蛋白质可从三个层面来注解，首先是构成在细胞内的特定组件(cellular component)，其次是此组件在分子功能上所扮演的角色(molecular function)，最后生物学家一定想知道这基因或蛋白质到底参与哪些生物过程(biological process)，因此有一群科学家(Gene ontology curator)试着收集各真核生物(如SGD, MGI, FlyBase,..)的基因或蛋白质，利用已知的文献资料及序列比较资讯为基础，将所有的真核生物的基因或蛋白质都基于在此系统(Gene ontology)下作注解(annotation)与分类(classification)。 资料提供∶国立阳明大学
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2004/5/2 15:29:00
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