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-- 发布时间:9/23/2004 2:05:00 AM
-- [合集]自己教自己——讨论一下教材
[合集]自己教自己——讨论一下教材 发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics 标 题: [合集]自己教自己——讨论一下教材 发信站: 北大未名站 (2003年05月18日16:11:49 星期天), 转信 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日11:39:21 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 今天大家讨论一下教材的问题如何。我想,不管是生物信息学了多久 的,教材是什么,估计是个不一样的。我知道,有些学校是有教材的。 但是,不觉得资料的内容太陈旧么?做生物信息,给你的机会是:你 最多可以落后半年,而且,必须立即赶上。否则,你就要完蛋。大家 都在做生物信息,都在抢,所以,不要太斯文了,谁敢跟我们抢,我 们就跟他们拼。 另外,最近发现自己的知识架构缺陷很大,在版上看看,基本也 是这样。有计算机强的,生物一般;生物不错的,计算机巨烂,例如, 我本人;有对结构生物学强的,对序列又马马虎虎。所以,感觉有必 要做这样一件事情:我们需要什么样的教材?既然学校不能给我们想 要的,我觉得,我们还是自己做。 请注意:我在这里是希望与各位讨论入门的教材,最好是:生物 信息相关领域,各有一本做代表,就足够了。 我的推荐是: 1.序列比对方面:《生物信息学——序列与基因组分析》 David W. Mount 这本书,应该是到处有卖的,不过很贵,73RMB,所以,如果有电子版 的,请提供。 参考教材: 1.孙之荣,李衍达合译的那本书的(名字想不起来,蛋白 与核酸的序列分析?)原版。是原版,看书,还是看原版好一些。 2.樊龙江的《生物信息学札记》,很适合入门。对了解序列比对帮助 还是不小的。 课外读物:current protocol in bioinformatics 做生物信息,没 有protocol,就像做实验不看《分子克隆》一样,能想象么? 2.计算机方面: a. bioperl 或者是perl,这是对生物学家最popular的编程语言, 简单,易学。 b.数据库编程及使用。掌握简单的就可以了。foxpro,mysql,等等 都可以,access好像合适商用了。 c. linux系统,这好像是一定要看的。 其他尚缺的: 1. 数学,请推荐。好象统计的书,看看比较好。 2. 结构生物信息,看什么教材? 3. 物理学,不需要? 这个需要各位来说说了。大家讨论一下,定一下大致看什么样的书。 当然,有些书你可以不看,或者看另外一些书。但是,有个general的 protocol总是好一些。 然后大家分头去找教材,先传到我这里或是biojs那里,整理一下,作 为我们统一的入门教材。然后花上一点时间看看。感兴趣的看细一些, 不感兴趣,就简单翻翻。总而言之,一是希望基础扎实,二是希望知 识面拓宽。 大家看看,怎么搞? ─────────────────────────────────────── 作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日12:10:11 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 那几本的电子版到处都有 ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日13:11:18 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── hehe,个人观点,仅供参考…… 1、Mount的书 优点: 写的比较通俗,非数理背景的人看起来可能比较轻松, 书中有不少例子,还有一些protocol之类的东东,可能比较 适合PNP的爱用者:)。 缺点: 书中很多地方都说的不是很严格,不少例子有漏洞,细节值得商榷。 另外,这本书的系统性不强,对于一些基本概念和方法的讨论略显肤浅 个人认为不太适合初学者。 不过书中给了N多的URL,当作快速参考手册还是不错的。 2、情话出版社影印的Biological Sequence Analysis: Probabilistic models of proteins and nucleic acids. 优点:结构严谨、清晰,重点突出,适合系统的学习 缺点:前几章的学习曲线稍微陡了一些,非数理背景的人可能会感觉很吃力 不过,只要挺过来了后面还是很顺利的。 典型的英国风格,语言流畅,例子不多但都很贴切,个人强烈推荐。 3、李/孙翻译的《生物信息学:基因和蛋白质分析的实用指南》 (Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins) 纠正一下,这本书和第二本没什么关系,虽然从(中文)名字上看着比较象…… 是NCBI的人写的,原书1998年出版。 优点: ……中文的看起来可能比英文的舒服一点……? 缺点: ……old了一点……这个应该算是翻译书的通病…… 有时间的话,当作一本早期研究成果的review看看也不错 不过书中主要强调美国人的工作,对于欧洲的很多好东东都没怎么提…… 建议与罗老师翻译的《生物信息学概论》(Introduction to bioinformatics) 结合起来看。 ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日13:23:46 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 计算机方面,个人感觉目前好书虽然不少,但针对生物信息的实在不多…… 个人建议: 数据结构:情话的那本应该算是(国内的)经典,只是好象太难了一点……:) 如果想找本稍微简单的,可以看看算法导论(Introduction to Algorithms) 高教影印的。没必要全看,可以当作字典,需要的时候翻翻就可以了。 语言:Perl的当然是Learning Perl,其它的O'Reilly出版社的书也都不错。 有精力的话建议看看Java,Perl有时候还是2 simple了一点。 数据库:基本观念方面可以看《数据库系统概念》的前五章,主要了解 SQL的基本用法以及范式的定义(至少知道1NF和3NF/BCNF之间的区别)。 至于实作……随便找本MySQL的入门手册就可以了 不建议用M$ SQL Server…… ……access……还可以玩玩。 软件工程:这个很重要的,但是现在好象还真的没什么特别的好教材可以看……:( ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日13:24:48 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── hehe,生物的书各位大哥是不是也推荐一些? 尤其是比较基础的,如有机/无机化学方面的书? ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日13:58:04 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 哈哈,评价的好。我觉得很nod。不过monut的书还是比较适合初学者 的。我看的第二本生物信息的书,就是这本,当然,有一些说得比较 含糊,而且,符合老美的风格,就是螺里巴索,前面说过了多序列比 对,到后面系统发育分的时候还要啰嗦几句,不过有些东东不必看就 是了。 至于probabilistic的那本书,写的侧重于算法,思想,还是蛮深的 是我看的第三本生物信息的书,有点费劲 至于孙的书,那是我的入门教材,起初是一点不懂。不过后来感觉 有点过时,就不大看了。第二版已经出来好久了,不过强不了太多, 还好了。 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日14:01:08 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 感觉哦,数据结构,数据库等等,我们是上的。基本上这方面问题不 大,清华的分C版和pascal版,思想是差不多的。 perl自然要学,不过玩bioperl就更好。 至于软件工程?我们现在要做软件还是做计算?这个我觉得要讨论一 下吧?软件这个东东就比单纯的程序要复杂得多了。 请各位讨论。 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日14:01:52 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 嗯,生物的书,还是要生物专业的人来说说比较好,我是学化学的, 感觉有机看看基本上是够了 ─────────────────────────────────────── 作者 wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日14:32:36 星期六) , 站内信件 ─────────────────────────────────────── 佩服,佩服!鄙人到现在也没看完一本。主要还是因为英语不过关,惭愧啊! ─────────────────────────────────────── 作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日16:52:04 星期六) , 站内信件 ─────────────────────────────────────── 个人认为计算是关键,算法的准确度及快慢是品价软件的核心.其实造软件肯定要考虑算法问 题. ─────────────────────────────────────── 作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日16:56:40 星期六) , 站内信件 ─────────────────────────────────────── 我觉的生物化学(沈同的好像很经典,但不知之几年有否更新版),生物物理学,分子生物学是必 需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面. ─────────────────────────────────────── 作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日16:57:42 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 我们其实大多数时候只是用程序check一下idea是不是work, 编程序不必 耗费太多的精力和玩弄太多的技巧, 够用就行. 当然如果有人专门搞某个 算法的实现那又是另外一回事情了 ─────────────────────────────────────── 作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水,无非妙道), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日17:02:28 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 有。第三版。好象。 大部分不必需。 ? 需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面. 别专业想上手bioinfo,其实光看分子生物学得前几章就可以开始做了 不过这样得生物基础,只能是吵吵老问题得冷饭罢了。 ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日17:30:17 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 哎,各位还是讨论怎么选教材吧。原则应当是这样啦: 1.少而精。 2.适合任何专业的人上手。 每个方面都推荐很多,怎么看得完?? 有。第三版。好象。 大部分不必需。 ? 需的,牛哥说,生物学的东西全包括在里面. 别专业想上手bioinfo,其实光看分子生物学得前几章就可以开始做了 不过这样得生物基础,只能是吵吵老问题得冷饭罢了。 ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日18:06:53 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── hehe,这就是需求决定策略了…… ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日18:08:20 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 这个……其实很难说…… 程序 = 算法 + 数据结构 软件 = 程序 + 文档 ……虽然老了一点,但应该说还不算过时…… ─────────────────────────────────────── 作者 zerobug (白开心), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日18:10:29 星期六), 转信 ─────────────────────────────────────── 这个其实很困难,不同背景的人看中的东西应该还是有很大差异的…… 而且 任何一门学科想要深入那怕一点点,都够钻上个二、三年的…… ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月17日19:13:58 星期六) , 站内信件 ─────────────────────────────────────── 附件,文件目录,list.txt ─────────────────────────────────────── 作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics 标题 Re: 自己教自己——讨论一下教材 时间 北大未名站 (2003年05月18日13:52:08 星期天), 转信 ─────────────────────────────────────── 我想这个问题,到此结束。我放一个参考的教材在ftp里面,各位帮 着看看,不合适的地方请指出。谢谢。 附件,文件目录,list.txt
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