[合集]一个有趣的现象                  

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]一个有趣的现象  
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:56:31 星期天), 站内信件

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  一个有趣的现象                                                         
时间  北大未名站 (2003年12月17日23:06:37 星期三), 转信                       
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在原核生物的基因产物中发现了NLS，大家说说这可能意味这什么？

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作者  pkpk (纳米管菜鸟), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月17日23:55:35 星期三), 转信                       
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弱了
NLS是什么：）

【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 在原核生物的基因产物中发现了NLS，大家说说这可能意味这什么？

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作者  kokolu (时时刻刻), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日00:45:16 星期四), 转信                       
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nuclear location sequence
【 在 pkpk (纳米管菜鸟) 的大作中提到: 】
: 弱了
: NLS是什么：）

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作者  kokolu (时时刻刻), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日00:49:51 星期四), 转信                       
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有没有功能呢？
难道NLS是进化来得？
你这个nls在原核里面广泛存在呢，还是只在一个物种中有(random match?)？
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 在原核生物的基因产物中发现了NLS，大家说说这可能意味这什么？

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作者  invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日09:20:38 星期四), 转信                       
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是呀，有文献报道？

如果是极个别的，我猜想大概是物种间的序列漂移
造成的吧？呵呵，不知道有没有真核到原核的漂移这回事？？？

【 在 kokolu (时时刻刻) 的大作中提到: 】
: 有没有功能呢？
: 难道NLS是进化来得？
: 你这个nls在原核里面广泛存在呢，还是只在一个物种中有(random match?)？

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日10:13:48 星期四), 转信                       
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你这个NLS大概多长呀，说不定是随机因素。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 在原核生物的基因产物中发现了NLS，大家说说这可能意味这什么？

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日14:40:41 星期四), 转信                       
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【 在 kokolu (时时刻刻) 的大作中提到: 】
: 有没有功能呢？
这个我怎么知道啊，还没做实验呢
: 难道NLS是进化来得？
NLS显然是进化来得吧，为什么不呢？呵呵
: 你这个nls在原核里面广泛存在呢，还是只在一个物种中有(random match?)？
不是广泛存在的，否则早就被人发现了，对吧：）

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日14:42:40 星期四), 转信                       
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类似的情况在PNAS上有一篇提到了，但是没有最终证实。我们也怀疑是基因漂移，但是还
没有证据。

【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 是呀，有文献报道？
: 如果是极个别的，我猜想大概是物种间的序列漂移
: 造成的吧？呵呵，不知道有没有真核到原核的漂移这回事？？？

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日15:07:28 星期四), 转信                       
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有一个证据使我们觉得可能并不是随机因素造成的，因为这个NLS在此蛋白的真核生物同
源物中是保守的。

呵呵，不知道swissprot里面原核的蛋白序列全不全，是否包含所有的ORF，否则拿来用什
么内质网、高尔基体、线粒体、叶绿体等等等等的定位肽序列scan一遍，说不定会有一些
有趣的发现。
对了，谁那里有signalP的单机版呀，能不能给我个copy，多谢了

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 你这个NLS大概多长呀，说不定是随机因素。

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日15:53:52 星期四), 转信                       
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如果是SWISSPROT+TREMBL应该算比较全的乐。
SignalP2.0是Commerical License，恐怕没有那么容易拿到八。
不过网上不是可以直接SUBMIT吗？
我上次用TMHMM就是把自己的序列分割成几千条的Fasta来做得，感觉速度还可以忍受。
我一直很奇怪，SignalP的预测效果也不是非常好，怎么使用的频率会那么高。
【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: 有一个证据使我们觉得可能并不是随机因素造成的，因为这个NLS在此蛋白的真核生物同
: 源物中是保守的。
: 呵呵，不知道swissprot里面原核的蛋白序列全不全，是否包含所有的ORF，否则拿来用什
: 么内质网、高尔基体、线粒体、叶绿体等等等等的定位肽序列scan一遍，说不定会有一些
: 有趣的发现。
: 对了，谁那里有signalP的单机版呀，能不能给我个copy，多谢了

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作者  Feynman (KaKa), 信区: Bioinformatics                                   
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日16:05:35 星期四), 转信                       
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【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 如果是SWISSPROT+TREMBL应该算比较全的乐。
: SignalP2.0是Commerical License，恐怕没有那么容易拿到八。
a.o...这个我居然没有注意到，郁闷

: 不过网上不是可以直接SUBMIT吗？
: 我上次用TMHMM就是把自己的序列分割成几千条的Fasta来做得，感觉速度还可以忍受。
倒是有现成的程序可以这么直接submit，还能“断点续传”好像，呵呵，不过从来没试过
，感觉太恐怖了，这么多序列人家会不会封我IP啊^_^

: 我一直很奇怪，SignalP的预测效果也不是非常好，怎么使用的频率会那么高。
问题是没有更好的了啊。。。

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日16:13:10 星期四) , 站内信件                  
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【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 如果是SWISSPROT+TREMBL应该算比较全的乐。
: SignalP2.0是Commerical License，恐怕没有那么容易拿到八。
: 不过网上不是可以直接SUBMIT吗？
: 我上次用TMHMM就是把自己的序列分割成几千条的Fasta来做得，感觉速度还可以忍受。
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
why you need to do that? how many individual sequences do you have initially?

: 我一直很奇怪，SignalP的预测效果也不是非常好，怎么使用的频率会那么高。

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作者  kokolu (时时刻刻), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月18日16:35:22 星期四), 转信                       
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啊，不会吧，好像每天同一个ip只能提交10次任务的

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 如果是SWISSPROT+TREMBL应该算比较全的乐。
: SignalP2.0是Commerical License，恐怕没有那么容易拿到八。
: 不过网上不是可以直接SUBMIT吗？
: 我上次用TMHMM就是把自己的序列分割成几千条的Fasta来做得，感觉速度还可以忍受。
: 我一直很奇怪，SignalP的预测效果也不是非常好，怎么使用的频率会那么高。

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月19日10:59:30 星期五), 转信                       
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因为我用代理呀。满10个换一个代理。
上次作的大概有几万条序列吧。

【 在 kokolu (时时刻刻) 的大作中提到: 】
: 啊，不会吧，好像每天同一个ip只能提交10次任务的

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作者  invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月19日12:02:05 星期五), 转信                       
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cool!! 几千个代理也是自动搜索的？

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 因为我用代理呀。满10个换一个代理。
: 上次作的大概有几万条序列吧。

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月19日17:13:41 星期五), 转信                       
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当然不是啦，
一次就可以提交几千条长的一个Fasta文件。
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: cool!! 几千个代理也是自动搜索的？

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作者  zycloud (Hawk~开始新生活), 信区: Bioinformatics                        
标题  Re: 一个有趣的现象                                                     
时间  北大未名站 (2003年12月19日17:29:48 星期五), 转信                       
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【 在 Feynman (KaKa) 的大作中提到: 】
: a.o...这个我居然没有注意到，郁闷
: 倒是有现成的程序可以这么直接submit，还能“断点续传”好像，呵呵，不过从来没试过
什么程序呀？
: ，感觉太恐怖了，这么多序列人家会不会封我IP啊^_^
: 问题是没有更好的了啊。。。