[合集]请问怎么样在一个酶的pdb文件中加?

发信人: kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入?
发信站: 北大未名站 (2004年06月02日18:54:39 星期三), 转信

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作者  pbx (甲一), 信区: Bioinformatics                                       
标题  请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                              
时间  北大未名站 (2004年04月26日22:47:31 星期一) , 站内信件                  
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例如一个酶催化化合物A反应生成B
下载下来酶的pdb文件之后，怎么样才能够在酶上加入A
然后在用软件做相关预测？！
谢谢

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作者  pkpk (zt的理想--砍兔子), 信区: Bioinformatics                          
标题  Re: 请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                          
时间  北大未名站 (2004年04月27日03:17:41 星期二), 转信                       
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没有这种搞法的
酶的功能，酶与小分子的结合构像现在都没有办法准确预测
化学反应又怎么能预测

【 在 pbx (甲一) 的大作中提到: 】
: 例如一个酶催化化合物A反应生成B
: 下载下来酶的pdb文件之后，怎么样才能够在酶上加入A
: 然后在用软件做相关预测？！
: 谢谢

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作者  newjun (闲), 信区: Bioinformatics                                      
标题  Re: 请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                          
时间  北大未名站 (2004年04月27日04:28:56 星期二), 转信                       
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做个AotoDock试一下，
把小分子存成pdb文件，
做以下gramm
【 在 pbx (甲一) 的大作中提到: 】
: 例如一个酶催化化合物A反应生成B
: 下载下来酶的pdb文件之后，怎么样才能够在酶上加入A
: 然后在用软件做相关预测？！
: 谢谢

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作者  tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                          
时间  北大未名站 (2004年04月27日09:50:33 星期二), 转信                       
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准确谁也不敢说
不过肯定是有人做的
【 在 pkpk (zt的理想--砍兔子) 的大作中提到: 】
: 没有这种搞法的
: 酶的功能，酶与小分子的结合构像现在都没有办法准确预测
: 化学反应又怎么能预测

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作者  pkpk (zt的理想--砍兔子), 信区: Bioinformatics                          
标题  Re: 请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                          
时间  北大未名站 (2004年04月27日11:13:44 星期二), 转信                       
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你是不是说docking啊

【 在 tonydudu (xanadu) 的大作中提到: 】
: 准确谁也不敢说
: 不过肯定是有人做的

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作者  kingsyl (Healthy is first.), 信区: Bioinformatics                      
标题  Re: 请问怎么样在一个酶的pdb文件中加入反应物？                          
时间  北大未名站 (2004年05月08日06:36:55 星期六), 站内信件                   
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^_^，其实量化里面也有一些方法（也是比较粗略），需要猜中间产物，然后算算能量变
化之类的，我没有做过，但听别人讲过。

【 在 pkpk (zt的理想--砍兔子) 的大作中提到: 】
: 你是不是说docking啊